محمد المحفلي حصل على الدكتوراه في الأدب العربي من جامعة القاهرة عام 2014 ، حيث دافع عن أطروحة بعنوان التحول النصي في الرواية العربية الحديثة. يعمل حاليا باحثا في قسم الدراسات السياسية الدولية، جامعة مالمو السويد. عمل محاضرًا في جامعة حضرموت من عام 2004 إلى عام 2009 ، وتم تعيينه أستاذًا مساعدًا من 2014 إلى 2016. في عام 2017 بدأ بالعمل زميلًا باحثًا في مركز دراسات الشرق الأوسط بجامعة لوند، حيث حصل على زمالة من منظمة إنقاذ العلماء، المعهد العالي للتعليم في نيويورك، خلال فترة الزمالة هذه ، عمل بشكل أساسي على مشروع: المناصرة البحثية وصنع السياسات العامة في العالم العربي. كان الهدف الرئيسي للمشروع هو إنشاء ببليوغرافيا مشروحة لحقوق الإنسان في العالم العربي ، وقد اشتمل على مراجعة نقدية وتصنيف لأكثر من 400 مصدر باللغة العربية
حصل المحفلي على ماجستير ثانية في العام 2023 في دراسات الإعلام وعلوم الاتصال من جامعة مالمو، السويد. بتقدير ممتاز. نشر خلال هذه الدراسة مجموعة من الأبحاث التي تحلل المحتوى الإعلامي وتقيم الاستراتيجيات الإعلامية، وقياس فعاليات الشبكات الاجتماعية في الإنتاج الإبداعي
تشمل اهتمامات المحفلي البحثية تحليل الخطاب العربي، إعلامي وسياسي وديني وثقافي، وكذلك مشاريع بناء القدرات في التعليم العالي واستراتيجيات التعافي المستدامة بعد الصراع لمواجهة التحديات في اليمن للسنوات القادمة. كما شارك في العمل المتعلق بكيفية استخدام الفن والإعلام كأدوات لتعزيز الديمقراطية والمساواة بين الجنسين والعدالة الاجتماعية في اليمن. يعمل حاليًا في مشروع دالممول من الاتحاد الأوروبي (الإدارة البيئية في الشرق الأوسط) ، والذي يهدف إلى تطوير القدرات في الجامعات في اليمن وإيران ، للتعامل مع القضايا البيئية في هذه البلدان. بالإضافة إلى مهامه الأكاديمية ، يعلق في وسائل الإعلام على الأحداث الثقافية والتعليمية والسياسية في العالم العربي والشرق الأوسط